El sistema hidrográfico de este municipio consiste de los ríos Macaná y Tallaboa. El primero se origina en el noroeste del barrio Macaná de Peñuelas para luego discurrir por el territorio de Guayanilla. Atravieso unos 11 kilométros (7 millas) desde su nacimiento hasta que desemboca en la Bahía de Guayanilla y tiene de afluente la Quebrada de los Cedros. Por su parte, el Río Tallaboa nace en el norte del barrio Rucío y tiene una longitud de 22.5 kilómetros (14 millas). Es un río netamente peñolano y tiene como afluentes al Río Guayanés, el cual nace en las alturas del barrio Jaguas y a las Quebrada Ceiba y Barreal entre otros. En su curso podemos encontrar el Salto de Garzas creado por los marcado desniveles de altura en las tierras que recorren sus aguas.
